В общем случае это делается таким образом:
1. Сохраняются веса в файле. (скриптом или export weights)
2. Отвязывается меш.
3. Меняется топология.
4. Скинится меш.
5. Загружаются веса (import weights)
Лучший способ:
1. Сделать дубликат меша и прискинить его к тем же костям, что и базовый меш.
2. Скопировать веса с базового меша на этот меш. Skin->Edit Smooth Skin >Copy skin weights
3. Отвязать базового меш и поменять топологию.
4. Прискинть базовый меш и скопировать веса со вспомогательного меша на базовый.
5. Удалить вспомогательный меш.
Принцип такой: мы сохраняем веса на другом объекте, меняем топологию и снова их подгружаем.
Преимущества: копирование весов таким способом очень быстрое и точное!