Теоретически за это отвечает функция Quantize, с кубиком она справится, а вот с чем-нибудь посложнее, врядли.
Далее можно удалить эти полигоны и командой Create Polygon или Bridge построить по оставшимся точкам новые большие.
Можно использовать Weld Manager и решить проблему путём объединения ненужных точек.