Возникла такая же проблема и у меня ни первого.Стыки клипов нормально состыкованы, но почему то появляются вместо изображения клипа черный экран.Особенно это проявляется когда обрезаешь начало клипа.
Как с этим бороть может кто знает????
Изветсный баг примьера 6.0 и 6.5 просто берём тот кусочек который не виден и двигаем его чуток в сторону и потом возвращаем на место всё видео становитса видным =)
Как это более хмуро решить я не знаю и вообще переходите на PPRO 1.5 там багов меньше.