Я даже больше скажу: даже если бы каким-то неведомым образом FBX поддерживал БЛЕНДЕРОВСКИЕ модификаторы, то это было бы бесполезно, ибо Юнити-то их один хрен не поддерживает. Поэтому -- НИКАК. Ищи способ решения задачи, которую ты решал модификаторами, в самой Юнити.