Проблема в том что АП6 да и нетолько - плохо работает с файлами мпег4, даже скорее всего не с мпег4 а с кодеками звука используемыми в связке мпег4. Реально помагает - VirtualDUB, если уж ты точно решил что тебе нужено в АП6 то по крайней мере "вытяни" VDUBом - звук в отдельный WAV в формате PCM...
Файл будет немаленький но АП6 - будет с ним работать..
Потом вытягиваешь на Timeline avi и этот wav звук который в avi - удаляешь.. а подставляешь wav и вроде всё.. Удачи