Если хочеш сохранить в формате 3D, то сначала сделай модель цельной (тоесть вся модель у тебя должна быть цельной Edit Mesh) и материал должен быть один для всей модели (Multi Subject). Тогда если ты потом импортируеш этот 3D в сцену, заходиш в матерьял эдитор и делаеш получить материал из сцены, у тебя появится материал Multi Subject. Правда там надо будет пути ко всем текстурам заново указать, потому что MAX при экспорте длинные названия текстур калечит.