Ты проверь, у тебя в AI в Preferances -> File Handling & Clipboard -> Clipboard on quit включен флажок PDF или нет. Надо включить, если выключен. А тот, что под ним, пожалуй, лучше выключить.
А в какой PDF экспорт из Корела делался? Только начиная с PDF 1.4 (Acrobat 5) прозрачности поддерживаются. Из Корела это начиная только с 11-й версии возможно.