Не иначе, в настройках Color Settings и во внедрённых в исходные файлы профилях (если таковые присутствуют).
Если EPS-ы и TIFF-ы за-CMYK-кованны заранее в PhS, настройки PhS и AI синхронизированны, то цвет «переливается» из файла в файл без изменений.