Сохраняешь спот в отдельном файле (CTRL+C - CTRL+F. Если спотов несколько - значит несколько файлов). CMYK - отдельно
Импортируешь файлы в шоп: CMYK - как CMYK, Споты - как грэй
В CMYK-e делаешь multy и столько дополнительных каналов, сколько спотов
Выбираешь нужный канал и вставляешь туда спот
Да, по каналу надо два раза щёлкнуть - выбрать в color indicates Spot Color и выбрать нужный спот