При некотором напряжении воображения можно набросать алгоритм и реализовать его на VBA — пусть Word сам найдёт все объекты Mathtype, через одноимёную софтину сохранит их в EPS-ы, дав им имена по порядку вхождения, после этого заменит эти объекты в теле Word-овского документа какой-нибудь комбинацией символов, после чего вызовет InD, поместит туда текст и заменит каждое вхождение этой комбинации символов на соответствующий файл EPS, прилинковав его и обрамив с обеих сторон спецсимволом разрыва фрэйма. Вот собственно и алгоритм, осталось только его закодировать. Любой программер средней квалификации справится с этой задачей.