Это отдельная пробема. Если вершины ни к чему не привязаны ("висят" в воздухе), то в режиме вертексов нажми большую кнопку «Remove Isolated Vertices».
Если это части каркаса, то либо модификаторами (Multi-Res, Optimize), либо Weld руками. Есть плагины для этого.
Вобщем, все зависит от ситуации.