1. Если PSD по структуре ничем не отличается от такого же TIFF'а, то разницы, в общем никакой. Разница с DCS может появится, если CMYK Profile этих (PSD & TIFF) файлов отличается от CMYK Profile документа — AI пересчитает CMYK-коорд. файла в другие CMYK-координаты (если в Color Settings в Color management policies стоит Convert to Working Space). С одной стороны это хорошо, когда работаешь с «давальческими» CMYK'ами, когда «давалец» порой и сам не знает, в каком пространстве у него CMYK.
Этот фокус извеcтен еще со времен Pagemaker'а. Прилинокванные EPS (DCS и CMYK) не пересчитываются.
2. прозрачность растрируется при выводе вместе в векторными объектами, видимыми сквозь вплоть до границы растра. Найти места, где возникает растрирование (и могут появится проблемы с цветом) может (в AI-10) plugin Flattening Preview. По умолчанию он НЕ СТАВИТСЯ, его (файл .aip , pdf — инструкция по пользованию) нужно скопировать вручную из каталога "<AI-10>\Utilities\Flattening Preview" в каталог <AI-10>\Plug-ins после установки AI . После запуска AI включи plugin в меню Window > Flattening Preview. Боковое меню на палитре этого плугина позволяет включить режим отображения, как твоя работа будет записана в PS или EPS. Все растеризуемые регионы (включи All Rasterized Regions) — прозрачности.
Подробнее по Flattening Preview — прочти тот самый pdf.