Насчет запускать не знаю, но точно знаю, что при заходе на некоторые варезные сайты в реестре (в ветке Run) появляется новая запись, указывающая на программу, которой раньше на винте точно не было. Насчет ошибок браузера, то тут соглашусь, делается это (если я не ошибаюсь) при помощи java (скрипт или не скрипт, точно не скажу) + какой-то дырки в Internet Explorer.