Я сталкивался с этой проблемой. Вся фишка в том, что у тебя вылезли где-то фэйсы с нулевой зоной покрытия (так я перевел Faces with zero map area), которые не распознаются при булевых операциях.Чтобы исправить, выбери свой объект и далее Polygons > Clean Up, выбираешь эти самые Faces with zero map area и апплай. Майя выберет неправильные фэйсы. Ты без тени сомнения жми delete.Потом Display > Polygon Components, border edges. и интенсивно заделывай выделившиеся дыры, используя append to polygons и fill holes.После такой чистки объекты перестанут пропадать.