Честно говоря, если мне требуется поверхность с дырками я использую Rhino
Потому что люблю NURBS моделирование
Скажу сразу, что если хочешь все-таки воспользоваться Буленом, то сначала надо проверить объект на наличие open edges! Это очень важно!, чтобы объект был замкнутым. Дальше желательно, чтобы и объект которым вырезаешь имел примерно ту же плотность сетки!
Как вариант Power Bolean