А зачем с секвенциями работать если можно экспортировать видео. Если тебе нужен альфа то помоему есть возможность экспортировать ави с альфа каналом, на счет макса не знаю, вот в Particle Illusion есть такой вариант, я совсем не разбираюсь в кодеках, но если есть такой возможность, при том даже не кодеке, а контенере то зачем сохранить в тга что и нагрузки больше было процессор, но если у теа разные слои то их тоже можно экспортировать в видео с альфа каналом, но если выгодно использовать секвенции, то это другое дело.