При выполнении булевский операций, чаще вычитания часто пропадают оба обьекта! Это связано с топологией или ещё с чем-то и если с топологией то как? Просто пытался вырезать арку для колеса в корпусе машины, пропадает и корпус и форма арки... Иногда в других работах у меня всё работало нормально, и каких-либо различий я не заметил 