Если без заиычки, то нужен transType — этот просто правильно расставляет глифы в шрифте (возможно даже в пакетном режиме), или FontLab — все делается вручную, но гораздо больше возможностей по исправлению: кроме кодировки можно исправить, например, положение и толщину Underline и т.д.
Все это добро лежит на оф.сайте http://www.fontlab.com; лекарство — официальный path и keygen см. на www.soft-forum.ru
Широко ходящим Macromedia Fontographer пользоватьсчя не советую, т.к. без правки одно из файлов кириллицу он не понимает и, более того, 95% всех горбатых кириллических шрифтов вышли из него.