Прежде, чем нажать кнопку в палитре Align, щёлкни мышкой (без всяких шифтов-контролов) по тому из выделенных объектов, который должен остаться неподвижным.
Нужно сделать так: щелкнуть мышкой два раза по тому объекту, который должен остаться неподвижным, относительно которого ты выравниваешь другой объект. Затем с [Shift-ом] щелкнуть мышкой по тому объекту, который тебе нужно выровныть. Ну а потом идешь в [Align] и делаешь свое грязное дело.
С Шифтом оно, конечно, хорошо, когда объектов не так много. Но если их более десятка, то удобнее практически не глядя охватить/пересечь их мышкой, кликнуть ключевой объект и выравнивать.