Проверил и в АЕ60 и вАЕ65 все работает.
Проект создал по твоим путям. слоев в проекте 230. весит 3 Мб, загружал/выгружал по нескольку десятков раз , ни разу путь не потерялся.
Может у тебя вирусы???
попробуй снести файл Adobe After Effects 6.0 Prefs.txt (предварительно сохранив его конечно в другой директории)
тестил W2K SP4 матрокс DigiSuite, АЕ6.0 АЕ6.5