Отличие FAT32 от NTFS применимое к премьеру только лишь в ограничении на максимальный размер файла: до 4 Гб. NTFS видимых ограничений не имеет, то есть файл может занимать хоть весь жесткий диск.
В остальном различий, существенных для работы в АР нет.