Один из дисков (рабочий) можно отформатировать в NTFS. Там нет ограничения в 4 гига. Но зачем писать такие большие файлы? Все равно потом резать. Есть программы захвата видео, которые автоматически разбивают материал на части заданной длины без потери кадров (я пользуюсь iuVCR).