Вам Страдалец нужно материальную часть изучить, то есть, почитать документацию и поизучать фактуру - программу собственно.
Санировать скан просто - повысьте ему резкотуху с помощью увеличение контраста. Это можно сделать кривыми (Curves), или уровнями (Levels). При этом мелкие соринки пропадут сами по себе, а крупные проявятся в полной мере, и их останется очень немного - тут то кистью их и прибить можно.
Да, кистью, а не ластиком - поскольку у вас черно-белый рисунок то кисть белого цвета будет закрашивать черный, а кисть черного цвета закрашивать белый. Поэтому установив размер кисти примерно равный толщине линии, и сбросив цвета на дефолтные, вы можете быстро проползти по всему рисунку то убирая пятно - белым цветом, то пририсовывая линию - черным. Для быстрого переключения цветов переднего и заднего плана используйте клавишу Х.
Ластик нужен только тогда, когда вы стираете изображение в слое и хотите избавиться не только от изображения но и от непрозрачности.
В процессе повышения контраста вы можете также немного подкорректировать интегральную толщину линий. Если скан достаточно большого размера, то перед повышением контраста можно его слегка размыть, обычным Blur'ом, что обеспечит лучшие результаты по убиванию мелких ненужных деталей в процессе повышения контраста.