Причина в том что это не баг, а фича. При работе с DynaMesh IM объекты становятся частью сетки (при обновлении сетки). Соответственно объекты с нормальной разверткой добавляют геометрию, а флипнутые вычитают. И исправлять это ненужно.
Пара скриншотов для наглядности.