Нифига пока не разобрался. Но это видимо глюк. При отключении видимости слоя все объекты скрываюся за исключением некоторых. При этом у этих "нескрываемых объектах" отображается атрибут скрытие. На данный момент переношу эти объекты в новый слой и принудительно отключаю видимость на уровне объекта. Неудобно, но что поделать.
ПС: макс 2016 и 2018. Мерж в новую сцену не помогает.