Есть такая фишка у ZBrush. Чуть что меняешь, нужно всегда фиксировать конфиг в Preferences -> Store Config, тогда всё сохранится. Странно это конечно и не всегда удобно. Опять же это даёт возможность эксперементировать с не известными настройками, не боясь что-то изменить в них. Всегда можно закрыть программу и опять её запустить, всё останется по умолчанию.