Через save/load весов вершин в skin modifier.
Load делать не по нумерации а по положению в пространстве (Load Vertices by Index). Возможно перед Load потребуется отключить в параметрах Skin "Weight All Vertices" а после загрузки включить обратно.
Нужно обьеденить модель из нескольких мешей в один меш. Модификатор skin отдельно на каждой части.
Как объеденить все это дело в один общий меш с одним модификатором skin без потери весов вершин?